Pemerintah Kota Batam menerapkan sanksi bagi warganya yang melanggar protokol kesehatan, ketentuan ini diatur dalam Peraturan Walikota Batam Nomor 49 Tahun 2020 Tentang Penerapan Disiplin dan Penegakan Hukum Protokol Kesehatan Sebagai Upaya Pencegahan dan Pengendalian Corona Virus Disease 2019 Di Kota Batam. Peraturan Walikota Batam ini sebagai pedoman penerapan disiplin dan penegakan hukum dalam pencegahan dan pengendalian Covid-19 di Kota Batam. Tujuannya adalah untuk membatasi kegiatan tertentu dan pergerakan orang dalam menekan penyebaran sekaligus memutus mata rantai Covid-19. Selain itu memberikan pedoman bagi masyarakat agar dapat melakukan adaptasi dan perubahan perilaku dalam menjalankan aktivitas normal dengan memperhatikan protokol kesehatan di kondisi pandemi Covid-19.

Peraturan Walikota Batam ini merupakan turunan dari Instruksi Presiden Nomor 6 Tahun 2020 tentang Peningkatan Disiplin dan Penegakan Hukum Protokol Kesehatan dalam Pencegahan dan Pengendalian Corona Virus Disease 2019 dan Instruksi Menteri Dalam Negeri Nomor 4 Tahun 2020 tentang Pedoman Teknis Penyusunan Peraturan Kepala Daerah Dalam Rangka Penerapan Disiplin dan Penegakan Hukum Protokol Kesehatan sebagai Upaya Pencegahan dan Pengendalian Corona Virus Disease 2019 di Daerah.

Dalam Peraturan Walikota Batam yang telah ditandatangani oleh Walikota Batam pada tanggal 1 September 2020 mengatur tentang:
a. Perorangan Memakai Masker, Mencuci Tangan, Menjaga Jarak Dan Menghindari Kerumunan (Melakukan 4M);
b. Pelaku Usaha Menyiapkan Sarana Prasarana 4M Bagi Karyawan Dan Pengunjung Yang Datang; Dan
c. Pengelola, Penyelenggara Atau Penanggungjawab Tempat Dan Fasilitas Umum Menyiapkan Sarana Prasarana 4M Bagi Karyawan Dan Pengunjung Yang Datang.

Dalam Pasal 7 Perwako ini mengatur sanksi Bagi yang melanggar protokol Kesehatan Covid 19. Sanksi berupa bagi perorangan teguran lisan atau teguran tertulis, kerja sosial (membersihkan fasilitas umum atau area publik) selama 120 (seratus dua puluh) menit atau denda administratif sebesar Rp. 250.000,- (dua ratus lima puluh ribu rupiah).

Sanksi bagi pelaku usaha, pengelola, penyelenggara, atau penanggungjawab tempat, dan fasilitas umum berupa teguran lisan atau teguran tertulis untuk pelanggaran kesatu, penghentian sementara operasional usaha selama 3 (tiga) hari atau denda administratif untuk pelanggaran kedua. penghentian sementara operasional usaha selama 7 (tujuh) hari atau denda administratif untuk pelanggaran ketiga dan pencabutan izin usaha untuk pelanggaran yang keempat.

Dalam pelaksanaan penerapan sanksi dilakukan oleh Satpol PP melibatkan SKPD, TNI/Polri dan Instansi terkait lainnya. Sejak ditandatangganinya Perwako ini Walikota Batam melakukan sosialisasi terkait informasi/edukasi cara pencegahan dan pengendalian Covid-19 kepada masyarakat melibatkan Forum Koordinasi Pimpinan Daerah dan peranserta Masyarakat, Pemuka Agama, Tokoh Adat, Tokoh Masyarakat; dan/atau Unsur Masyarakat lainnya. Diharapkan seluruh masyarakan Kota Batam mematuhi peraturan ini.